În perioada în care preotul iezuit Sebastiao Rodrigues pornește către Japonia, aceasta își închidea granițele. Puținele relații comerciale cu exteriorul erau atent supravegheate. Spiritul japonez se închidea într-un cocon, renegând orice venit din-afară. Inițial, când primii misionari creștini puneau piciorul pe pământul nipon, creștinătatea era întâmpinată cu căldură și deschidere. Conducătorii nu s-au împotrivit, deoarece venirea vaselor europene le aducea și beneficii. Acum însă, era vremea martiriului.

Rodrigues își dorește să-l găsească pe părintele Ferreira, despre care se spunea că a renunțat la credință. Dorința lui era de a dezminte aceste acuzații. Însă, o bună parte din șederea în Japonia și-o petrece ascuns de samurai, hrănit de țărani, observând execuții, temându-se, îndoindu-se de tăcerea lui Dumnezeu în fața acestor orori. Tocmai această îndoială este partea cea mai savuroasă din carte, fiindcă îți dai seamă că, fără să vrei, vei ajunge să joci rolul îngerului sau diavolului de pe umăr, încurajând personajul într-o direcție sau alta. Tăcere nu este o carte tocmai despre Japonia și despre obiceiurile lor, ci un joc de dute-vino inteligent,  al cărui premiu este credința părintelui Rodrigues.